その装置はMCR端子をプルアップしていませんでした。10KΩでプルアップすると少し改善しました。しかし、不具合が解消したわけでありません。
消極的な解決策は、PICKIT3のUSBコネクタを外し、装置の電源を落として数分待つ。PICKIT3接続と装置の電源ON。これって忙しいときはイライラします。
今やっているデバイスでも頻度は少ないけれど同じような現象があったので、USBの電源周りか？ということで5Vを供給するHUBを使ってみました。
途中で止まることがなくなりました。
これはパソコンのUSB端子にDVDデスクドライブをつけたとき動作が安定しなかったときの改善策です。PICKITも同様なのかもしれません。